Hacia finales de los años setenta y comienzo de los ochenta, no existía en la ciudad de Cali un lugar donde poder brindar a los pacientes los servicios de medicina de alta complejidad, donde desarrollar y practicar las nuevas tecnologías médicas, por lo cual los especialistas se veían forzados a remitir sus pacientes a otras ciudades o países, condición no aceptable para una ciudad que había tenido una importante trayectoria médica y causa de inconformidad en sus habitantes. Inicialmente este tipo de servicios se implementaron en el H.U.V, pero no fue posible desarrollar una unidad privada dentro de este.
Hacia finales de los años setenta y comienzo de los ochenta, no existía en la ciudad de Cali un lugar donde se pudiera brindar servicios de medicina de alta complejidad a los pacientes, desarrollar y practicar las nuevas tecnologías médicas, por lo cual los especialistas se veían forzados a remitir sus pacientes a otras ciudades o países.
La Fundación Valle del Lili empezó a funcionar en la sede Centenario en marzo 3 de 1986, con los servicios de pruebas de esfuerzo y laboratorio clínico. Posteriormente, se empezó a realizar consulta de cardiología por los doctores: Martín Wartenberg, Jorge Araújo G., Jorge Velázquez Noreña y Pastor Olaya Rojas; e iniciaron especialización en cardiología los doctores Jairo Sánchez Blanco y Hugo Martínez Villamaría. Desde finales de 1986, se inició la apertura gradual de las unidades de Nefrología y diálisis, Imágenes Diagnósticas, Oncología, Ortopedia, Litotricia y Medicina Nuclear. En agosto de 1993 se realizó el traslado a donde actualmente se encuentra ubicada la Institución.
A través de una organización llamada PIFE, perteneciente a la Fundación Rockefeller y a la Agencia Internacional para el Desarrollo de los Estados Unidos, que vincula profesionales norteamericanos jubilados, interesados en realizar obras de apoyo a países en desarrollo; se consiguió la ayuda de un reconocido arquitecto.
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